Suivi de l’excrétion des coccidies dans différents systèmes d’Elevage intérieurs ou extérieurs par coproscopie et développement d’une technique de biologie moléculaire

La coccidiose est un frein à l’élevage de lapins à l’extérieur car elle peut entraîner des troubles digestifs (diarrhées), des retards de croissance et de la mortalité. Il est donc crucial de maîtriser cette maladie. Le suivi de l’excrétion des ookystes s’effectue habituellement par coproscopie, avec un comptage du nombre d’ookystes dans les fèces et une identification des espèces présentes au microscope. Cette méthode ne permet de traiter qu’un nombre limité d’échantillons par jour. Dans l’optique de pouvoir phénotyper l’excrétion des ookystes chez un grand nombre de lapins pour de futures études de résistance génétique à la coccidiose, nous avons développé un outil de biologie moléculaire d’identification des neuf espèces de coccidies digestives. Pour cette étude, nous avons eu l’opportunité de suivre l’excrétion des coccidies de jeunes lapins issus du même troupeau, sevrés à 35 jours et conduits selon des modalités différentes et contemporaines : 120 lapins en 40 cages polyvalentes ; 120 lapins en parc extérieur de 500 m2 ; 32 lapins en 4 groupes de 8 lapins en parcs extérieurs de 50 m2. La morbidité totale et la mortalité ont été enregistrées. Des coproscopies ont été réalisées pour avoir une première approche des quantités d’ookystes et des espèces présentes. Puis les mêmes échantillons ont été analysés en PCR. L’extraction de l’ADN a été développé avec un kit utilisant des billes de céramique lyser mécaniquement les ookystes, et des billes magnétiques pour fixer l’ADN. Cette méthode est compatible avec l’utilisation d’un automate d’extraction et permet de traiter 32échantillons de fèces en parallèle. Des amorces PCR spécifiques des neuf espèces de coccidies digestives du lapin ont été validées (E. coecicola, E. exigua, E. flavescens, E. intestinalis, E. irresidua, E. magna, E. media, E. perforans, E. piriformis). L’excrétion des coccidies a été plus forte sur les animaux élevés à l’extérieur, avec une plus grande diversité d’espèces identifiées au microscope ou par PCR. En moyenne, l’excrétion pendant la période d’élevage a été de 0 OPG (ookystes par gramme) à 517 OPG en bâtiment, et de 0 à 34450 OPG en élevage extérieur. Seulement deux espèces ont été observées en bâtiment (E. media et E. perforans). En extérieur, des E. flavescens, E. exigua, E. piriformis, E. intestinalis, E coecicola ont été également détectées. La méthode de détection des coccidies par PCR est prometteuse, mais la cohérence entre les observations directes et les résultats de la PCR doit être améliorée.